Děkujeme za vaši dotaz! Jeden z našich pracovníků vás brzy kontaktuje.
Děkujeme za rezervaci! Jeden z našich pracovníků vás brzy kontaktuje.
Návrh Školení
I. Úvod a přípravná utkání
1. Přehled
- Učinit R přátelštější, R a dostupná GUI
- Rstudio
- Související software a dokumentace
- R a statistika
- Interaktivní používání R
- Úvodní sezení
- Získání nápovědy s funkcemi a vlastnostmi
- R příkazy, rozlišování malých a velkých písmen atd.
- Vyvolání a oprava předchozích příkazů
- Provádění příkazů ze souboru nebo přesměrování výstupu do souboru
- Stálost dat a odstraňování objektů
- Goodborná praxe programování: Samostatné skripty, dobrá čitelnost např. strukturované skripty, dokumentace, markdown
- instalace balíčků; CRAN a Biovodič
2. Čtení dat
- Soubory txt (read.delim)
- CSV soubory
3. Jednoduché manipulace; čísla a vektory + pole
- Vektory a zadání
- Vektorová aritmetika
- Generování pravidelných sekvencí
- Logické vektory
- Chybějící hodnoty
- Znakové vektory
- Indexové vektory; výběr a úprava podmnožin datové sady
- Pole
- Indexování pole. Podsekce pole
- Indexové matice
- Funkce pole() + jednoduché operace s poli např. násobení, transpozice
- Jiné typy objektů
4. Seznamy a datové rámce
- Seznamy
- Vytváření a úpravy seznamů
- Zřetězení seznamů
- Datové rámce
- Vytváření datových rámců
- Práce s datovými rámci
- Připojování libovolných seznamů
- Správa vyhledávací cesty
5. Manipulace s daty
- Výběr, podmnožiny pozorování a proměnných
- Filtrování, seskupování
- Překódování, transformace
- Agregace, kombinování datových souborů
- Vytváření rozdělených matic, cbind() a rbind()
- Funkce zřetězení, (), s poli
- Manipulace se znaky, balíček stringr
- krátký úvod do grep a regexpr
6. Více o Čtení dat
- Soubory XLS, XLSX
- balíčky readr a readxl
- SPSS, SAS, Stata,… a další formáty dat
- Export dat do txt, csv a dalších formátů
6. Seskupování, smyčky a podmíněné provádění
- Seskupené výrazy
- Kontrolní výkazy
- Podmíněné provedení: příkazy if
- Opakované provádění: pro smyčky, opakování a při
- intro do aplikovat, lapply, saapply, tapply
7. Funkce
- Vytváření funkcí
- Volitelné argumenty a výchozí hodnoty
- Variabilní počet argumentů
- Rozsah a jeho důsledky
8. Jednoduchá grafika v R
- Vytvoření grafu
- Grafy hustoty
- Dot Plots
- Barové pozemky
- Spojnicové grafy
- Koláčové grafy
- Boxplots
- Rozptylové pozemky
- Kombinace pozemků
II. Statistická analýza v R
1. Rozdělení pravděpodobnosti
- R jako soubor statistických tabulek
- Zkoumání distribuce množiny dat
2. Testování hypotéz
- Testy o populačním průměru
- Test poměru pravděpodobnosti
- Jedno- a dvouvýběrové testy
- Chí-kvadrát GoTest neshody
- Jednovzorová statistika Kolmogorov-Smirnov
- Wilcoxon Signed-Rank Test
- Test se dvěma vzorky
- Wilcoxonův test hodnosti součtu
- Mann-Whitney test
- Kolmogorov-Smirnovův test
3. Vícenásobné testování hypotéz
- Chyba typu I a FDR
- ROC křivky a AUC
- Více testovacích postupů (BH, Bonferroni atd.)
4. Lineární regresní modely
- Obecné funkce pro extrakci informací o modelu
- Aktualizace osazených modelů
- Zobecněné lineární modely
- Rodiny
- Funkce glm().
- Klasifikace
- Logistická regrese
- Lineární diskriminační analýza
- Učení bez dozoru
- Analýza hlavních komponent
- Metody shlukování (k-průměry, hierarchické shlukování, k-medoidy)
5. Analýza přežití (balíček přežití)
- Předměty přežití v r
- Kaplan-Meierův odhad, log-rank test, parametrická regrese
- Pásy sebevědomí
- Cenzurovaná (intervalová cenzurovaná) analýza dat
- Coxovy PH modely, konstantní kovariáty
- Coxovy PH modely, časově závislé kovariáty
- Simulace: Porovnání modelů (Porovnání regresních modelů)
6. Analýza rozptylu
- Jednosměrná ANOVA
- Dvoucestná klasifikace ANOVA
- MANOVA
III. Zpracované problémy v bioinformatice
- Krátký úvod k balíčku limma
- Pracovní postup analýzy dat Microarray
- Stažení dat z GEO: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE1397
- Zpracování dat (QC, normalizace, diferenciální vyjádření)
- Zápletka sopky
- Custering příklady + heatmaps
28 hodiny
Reference (5)
bylo to informativní a užitečné
Brenton - Lotterywest
Kurz - Building Web Applications in R with Shiny
Přeloženo strojem
Mnoho příkladů a cvičení souvisejících s tématem školení.
Tomasz - Ministerstwo Zdrowia
Kurz - Advanced R Programming
Přeloženo strojem
Day 1 and Day 2 were really straight forward for me and really enjoyed that experience.
Mareca Sithole - Africa Health Research Institute
Kurz - R Fundamentals
The pace was just right and the relaxed atmosphere made candidates feel at ease to ask questions.
Rhian Hughes - Public Health Wales NHS Trust
Kurz - Introduction to Data Visualization with Tidyverse and R
the matter was well presented and in an orderly manner.
