Základy nanovědy Počítačový Kurz

Toto je praktický workshop, který představí základy bioinformatiky. Je určen pro osoby s základní biologickou vzděláním a znalostmi molekulární biologie, kteří chtějí naučit se, jak zpracovávat a pracovat s biologickými daty pomocí počítačových nástrojů. Byl speciálně navržen pro:

• Výzkumníky pracující v experimentálních laboratořích na biologických makromolekulách, jako jsou bílkoviny, RNA a DNA.
• Vědce, jejichž hlavní oblast odbornosti není biologie, ale musí se vyrovnat s biologickými daty.
• Manažery představující nové produkty (např. léky), kteří chtějí rozšířit své znalosti o současné bioinformatice.
• Počítačovým programátorům, kteří budou psát programy pracující s biologickými molekulami.

Kurz je rozdělen do dvou částí: teoretické a praktické. Přednáška je propojena s jednoduchými praktickými cvičeními, kvízy a testy, aby se zajistilo, že účastníci porozuměli konceptům.

Během školení vás provedeme podrobnou prohlídkou, která pokrývá všechny základní aspekty analýzy biologických dat. Tento workshop je ideální příležitost k seznámení s bioinformatikou a jejími mnoha oblastmi! Na konci byste měli být schopni řešit jakékoliv základní bioinformatické problémy: budete vědět, odkud získat požadovaná data, jak získat relevantní informace a jak fungují základní softwary a algoritmy. Naším cílem je usnadnit vaše porozumění biologickým datům.

V koncovém stadiu kurzu budete schopni pracovat s biologickými daty pomocí bioinformatických nástrojů.

Tato instruktorem vedená živá školení v České republice (online nebo na místě) je určena zdravotnickým odborníkům a pracovníkům, kteří si přejí naučit středně pokročilé až pokročilé znalosti různých procesů sekvencování a testování genetického materiálu.

Konec tohoto školení, účastníci budou schopni:

• Naučit se a porozumět klíčovým konceptům genetiky.
• Porozumět fungování procesů sekvencování a testování genetického materiálu.

Dobrá klinická praxe (GCP) je soubor pokynů pro klinický výzkum provedený na lidských subjektech. GCP slouží jako mezinárodní standard pro navrhování, provádění, monitorování, dokumentaci, analýzu a zpravodajství o klinických studiích.

V tomto vedeném instruktorem tréninku se účastníci naučí nejdůležitější pokyny a základní principy uplatňované v Dobré klinické praxi (GCP) pro klinické studie a výzkum, které zahrnují lidské subjekty. Tento kurz poskytuje přehled různých oblastí GCP, ale trochu více se zaměřuje na ICH-soustředěnou GCP pro zkoumané léčiva a biologická výrobka.

Koncem tohoto tréninku budou účastníci schopni:

• Porozumět základním principům GCP pro zkoumané léčiva a biologická výrobka, jak je stanovuje Mezinárodní konference o harmonizaci (ICH)
• Aplikovat pokyny stanovené GCP na své klinické výzkumy a studie

Cílová skupina

• Kliničtí vyšetřovatelé
• Profesionálové klinického výzkumu
• Zdravotnickí a medicínské odborníci
• Podporující personál pro klinické studie
• Výzkumní a vývojoví pracovníci

Formát kurzu

• Část přednášky, část diskuse, cvičení a intenzivní praktické procvičování

Mikrobiální genomika a metagenomika kombinují sekvenační technologie a výpočetní analýzu pro profilování mikrobiologických komunit, charakterizaci genomů a detekci funkčních vlastností jako odolnost proti antibiotikům.

Toto instruktor-vedené živé školení (online nebo na místě) je určeno začínajícím až středně pokročilým výzkumníkům a bioinformatikům, kteří si přejí provést praktickou analýzu mikrobiálních genomických a metagenomických dat.

Na konci tohoto školení budou účastníci schopni:

• Popsat běžné sekvenační pracovní postupy a klíčové formáty souborů používané v mikrobiální genomice.
• Provést kontrolu kvality a předzpracování surových čtení NGS.
• Provést taxonomické profilování pomocí markerových a k-merových přístupů.
• Montovat a anotovat mikrobiální genomu a plazmidy.
• Detekovat SNPs, sestavit fylogenie a interpretovat strukturu populace.
• Předpovědět geny odolné proti antibiotikům a shrnovat funkční profily.
• Používat reprodukovatelné pracovní postupy s Conda, Dockerem a záznamy vytvořenými v poznámkových blocích.

Formát školení

• Přednášky vysvětlující koncepty a nástroje (20%).
• Praktické sezení s použitím ukázkových dat (60%).
• Otevřené diskuse a vedená analýza, aby účastníci mohli aplikovat metody na svá data (20%).

Možnosti přizpůsobení školení

• Pro požadavek na přizpůsobený workshop se zaměřením na klinickou, environmentální nebo průmyslovou metagenomiku nás prosím kontaktujte pro uspořádání.

Jedná se o praktický kurz, který ukazuje, proč je programování mocným nástrojem v kontextu řešení biologických problémů. Během kurzu se účastníci naučí programovací jazyk Python, jazyk široce považovaný za výkonný a zároveň snadno použitelný. Tento kurz lze považovat za ukázku toho, jak bioinformatika zlepšuje život biologů.

Kurz je určen a určen pro lidi bez znalosti informatiky, kteří se chtějí naučit programovat.

Tento kurz je vhodný pro:

• Výzkumníci zabývající se biologickými daty.
• Vědci, kteří by se rádi naučili automatizovat každodenní úkoly a analyzovat data.
• Manažeři, kteří se chtějí naučit, jak programování zlepšuje pracovní postupy a vedení projektů.

Na konci kurzu budou účastníci schopni napsat krátké programy, které jim umožní manipulovat, analyzovat a pracovat s biologickými daty a prezentovat výsledky v grafickém formátu.

Tento kurz má za cíl poskytnout výzkumníkům přehled o principy statistického návrhu a analýzy a jejich relevanci pro výzkum ve širokém spektru vědeckých disciplín.

Pokrývá určitou část pravděpodobnosti a statistických metod, především prostřednictvím příkladů. Toto školení obsahuje okolo 30% přednášek, 70% řízené kvízy a laboratorní práce.

V případě uzavřených kurzů lze příklady a materiál upravit pro konkrétní odvětví (jako jsou psychologické testy, veřejný sektor, biologie, genetika atd...).

V případě verejných kurzů se používají smíšené příklady.

Používá se různý software během tohoto kurzu (Microsoft Excel až SPSS, Statgraphics atd...) ale hlavním fokusem je porozumění principům a procesům řídících výzkumy, odvození a závěry.

Tento kurz lze provést jako kombinovaný kurz, tedy s domácími úkoly a příklady.