Návrh Školení

I. Úvod a přípravná utkání

1. Přehled

    Přívětivější, R a dostupnější GUI Rstudio Související software a dokumentace R a statistiky Interaktivní používání R Úvodní sezení Získání nápovědy k funkcím a vlastnostem R příkazy, rozlišování malých a velkých písmen atd. Vyvolání a oprava předchozích příkazů Provádění příkazů z nebo přesměrování výstupu do soubor Datová stálost a odstraňování objektů Good programátorské praxe: Samostatné skripty, dobrá čitelnost např. strukturované skripty, dokumentace, markdown instalační balíčky; CRAN a Bioconductor

2. Čtení dat

    Soubory Txt (read.delim) soubory CSV

3. Jednoduché manipulace; čísla a vektory + pole

    Vektory a přiřazení Vektorová aritmetika Generování pravidelných sekvencí Logické vektory Chybějící hodnoty Znakové vektory Indexové vektory; výběr a úprava podmnožin datové sady Pole
Indexování pole. Podsekce pole
  • Indexové matice
  • Funkce pole() + jednoduché operace s poli např. násobení, transpozice
  • Jiné typy objektů
  • 4. Seznamy a datové rámce
  • Seznamy Vytváření a úpravy seznamů Zřetězení seznamů

      Datové rámce Vytváření datových rámců
    Práce s datovými rámci
  • Připojování libovolných seznamů
  • Správa vyhledávací cesty
  • 5. Manipulace s daty
  • Výběr, podmnožiny pozorování a proměnných Filtrování, seskupování Překódování, transformace Agregace, kombinování datových sad Vytváření rozdělených matic, cbind() a rbind() Funkce zřetězení, (), s poli Manipulace se znaky, balíček stringr krátký úvod do grep a regexpr
  • 6. Více o Čtení dat

      Čtečka souborů XLS, XLSX a balíčky readxl SPSS, SAS, Stata,… a další formáty dat Export dat do txt, csv a dalších formátů

    6. Seskupování, smyčky a podmíněné provádění

      Seskupené výrazy Řídicí příkazy Podmíněné provádění: příkazy if Opakované provádění: pro smyčky opakujte a během úvodu do aplikujte, laply, saply, tapply

    7. Funkce

      Vytváření funkcí Volitelné argumenty a výchozí hodnoty Proměnný počet argumentů Rozsah a jeho důsledky

    8. Jednoduchá grafika v R

      Vytvoření grafu Grafy hustoty Bodové grafy Pruhové grafy Čárové grafy Koláčové grafy Boxplots Bodové grafy Kombinování grafů

    II. Statistická analýza v R

      1. Rozdělení pravděpodobnosti

    R jako soubor statistických tabulek Zkoumání rozložení souboru dat

    2. Testování hypotéz

      Testy o populačním testu průměrné pravděpodobnosti Test Jedno a dvouvzorkové testy Chí-kvadrát GoTest neshody Kolmogorov-Smirnov Jednovzorková statistika Wilcoxonův znaménkový test Dvouvzorkový test Wilcoxon Rank Sum Test Mann-Whitney Test Kolmogorov-Smirnov Test

    3. Vícenásobné testování hypotéz

      Chyba typu I a křivky ROC FDR a postupy vícenásobného testování AUC (BH, Bonferroni atd.)

    4. Lineární regresní modely

      Obecné funkce pro extrakci informací o modelu Aktualizace přizpůsobených modelů Zobecněné lineární modely Rodiny Funkce glm().

    Klasifikace Logistická regrese

      Lineární diskriminační analýza
    Učení bez dozoru Analýza hlavních komponent
  • Metody shlukování (k-průměry, hierarchické shlukování, k-medoidy)
  • 5. Analýza přežití (balíček přežití)
  • Objekty přežití v r Kaplan-Meierův odhad, log-rank test, parametrická regrese Pásma spolehlivosti Cenzurovaná (intervalová cenzurovaná) analýza dat Cox PH modely, konstantní kovariáty Cox PH modely, časově závislé kovariáty Simulace: Porovnání modelů (Porovnání regresních modelů)
  • 6. Analýza rozptylu
  • Jednosměrná ANOVA Obousměrná klasifikace ANOVA MANOVA
  • III. Zpracované problémy v bioinformatice

      Krátký úvod do balíčku limma Pracovní postup analýzy dat Microarray Stažení dat z GEO: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE1397 Zpracování dat (QC, normalizace, diferenciální vyjádření) Graf sopky Custering příklady + teplotní mapy
      28 hodiny
     

    Počet účastníků


    Začátek

    Konec


    Dates are subject to availability and take place between 09:30 and 16:30.
    Open Training Courses require 5+ participants.

    Reference (8)

    Související kurzy

    Související kategorie